Леонардо, Рафаель, Мікеланджело та Донателло не довго насолоджувались життям у симпатичної журналістки Ейпріл О’ніл після перемогою над Шредером. Лиходій не лише зумів вижити, але і знайшов спосіб створити собі нову армію. А завдяки безпринципному вченому, Шредер зумів отримати собі підсилення в особі нових мутантів. Його армії готові вступити в битву за владу над містом і лише мутанти-черепахи здатні йому завадити...
