Angel Beats utspelar sig i livet efter detta och fokuserar på Otonashi, en pojke som förlorade sina minnen av sitt liv efter att ha dött. Han blir inskriven på skolan för livet efter döden och träffar en flicka som heter Yuri som bjuder in honom att gå med i Afterlife Battlefront - en organisation som hon leder och som kämpar mot Gud. Battlefront kämpar mot elevrådsordföranden Angel, en flicka med övernaturliga krafter.
