Сюжет продолжает финал второго сезона в Панаме. Хотя Линкольна оправдали, Майкл был заключён в федеральную тюрьму «Сона» лицом к лицу с убийцами. Махоуна, Багвелла и Беллика также заключили в Сону за различные преступления. «Компания» взяла в заложники Сару и Линкольна-младшего и отпустит их, если Линкольн и Майкл помогут бежать заключённому. Люди, которые захватили в плен подругу Скофилда Сару Танкреди, подстраивают её убийство и угрожают убить сына Линкольна Эл-Джея. Братьям необходимо выполнить условия правительственных вымогателей и вывести из «Соны» загадочную личность — Джеймса Уистлера.
