샤아의 반란이 끝나고 3년 후, 세상은 겉보기에는 평온을 되찾은 모습이었다. 그러던 어느 날, 공업 스페이스 콜로니 인더스트리얼7에서 사는 소년 버나지 링크스는 자신을 오드리 번이라 자칭하는 정체불명의 소녀와 만나게 된다. 그녀는 비스트 재단과 네오지온 잔당군 소데츠키가 일으킨 라플라스의 상자 거래를 막는 것이 목표라고 하며 행동을 계획한다. 그리고 그런 그녀에게 협력하기로 하는 버나지. 하지만 거래의 방해를 위해 급습한 지구방위군과 소데츠키의 전투로 인해 콜로니는 순식간에 전장으로 변해버린다. 버나지는 오드리를 찾아서 이 곳 저 곳을 뛰어다니게 되고, 그러던 중 라플라스의 상자의 열쇠가 되는 순백의 모빌 슈트 유니콘 건담과 운명적으로 만나게 되는데...
