우리가 아는 현실과는 조금 다른 모습의 지구. 그곳은 '나이트플라이 오노트'라 불리는 침략자의 위협이 도사리는 곳.인류는 침략자에 대항하기 위해 방위기관 LAG를 설립하고 전투유닛인 '스칼렛 라이더'를 결성한다.그러나 아사기 아키라라는 소녀가 LAG에 들어오자 기다렸다는 듯이 나이트플라이 오노트의 침공이 재개된다.제6전투유닛인 '스칼렛 라이더 젝스' 멤버들은 아키라와 함께 세계를 지키기 위해 전장으로 몸을 내던진다.그녀와 소년들과, 사랑과 우정과 그리고 전투에 대한 이야기가 지금 시작된다.
