Film che riassume la storia originale della serie, con l'aggiunta di nuove animazioni. A.D. 2009: la razza umana è nel mezzo di una guerra fra tre schieramenti opposti. Contro i terrestri stanno combattendo due razze aliene, composte da umanoidi giganteschi: gli zentradi (di sesso maschile) e le meltradi (di sesso femminile). L'ultimo baluardo per la salvezza della Terra è il Macross, una gigantesca astronave spaziale, al cui interno si trova una intera città. Proprio all'interno del Macross si sviluppa un intenso triangolo d'amore fra Hikaru Ichijo, giovane pilota dell'aeronautica terrestre, il suo superiore Misa Hayase e Lynn Minmay, quindicenne cantante cinese. Sarà proprio il canto di Mynmai ad avere effetti decisivi sull'esito della guerra.
