Nous sommes en 2020. Commandé par le capitaine Murphy, un groupe de 250 personnes s'est établi dans "la cité sous la mer", un gigantesque complexe basé au creux d'une montagne sous-marine ! Là, des hommes, des femmes et même des enfants, scientifiques aguerris ou potentiels, dédient leur vie à l'exploration de ce monde encore méconnu et parfois hostile, et prennent en charge la sauvegarde de la vie aquatique. De nombreuses aventures se profilent pour cette colonie, et la cité sous la mer devra compter avec des attaques d'espèces agressives comme des requins ou des calamars géants, les catastrophes naturelles mais aussi la folie de l'homme incarnée par des braconniers ou explorateurs sans scrupules... Nous suivons les aventures d'une poignée des responsables de la cité : le docteur Paul Williams, les scientifiques Hal, Ed et Gail ou encore les enfants Robert et Sally.
