James Logan har lagt livet som Wolverine bag sig og lever et stille liv i Canada. Efter seks år forsøger hans tidligere chef Willliam Stryker at få ham tilbage i tjenesten. Først da Logans bror Creed dræber hans kæreste, vælger Logan igen at blive en del af mutant-slænget for at kunne få hævn. Snart erfarer han, at Stryker har holdt flere ting skjult, blandt andet detaljer om Logans afdøde kærestes identitet.
