Події розгортаються у віддаленому майбутньому, в якому люди ще сильніше стали залежати від комп'ютерних технологій, кіберімплантів та андроїдів. Агент Мотоко Кусанагі та її напарник Бато проходять службу у «9 відділі», особливому відділі кіберполіції. Вони ведуть розслідування діяльності найбільшого хакера всіх часів, відомого як Ляльковод. В світі майбутнього ставки дуже високі, адже зламу підлягають не банальні кредитки чи сервера корпорацій, а людський мозок…
