Fire skildpadder falder i kloakken og bliver venner med Hamato Yoshi, en japansk mand sendt til New York, som er tvunget til at leve i kloakken. En dag ser han et mærkeligt grønt skær, som forvandler de fire skildpadder til menneskelignende væsner. Det grønne skær forvandler Hamato (nu Master Splinter) til en kæmpe rotte. Nu lærer han skildpadderne ninjaens færdigheder. De danner hold med nyhedsreporteren April O'Neil for at kæmpe mod Yoshis ærkefjende Shredder og Krang, en alien-krigsherre fra Dimension X.
