Men in Black følger agenterne K (Tommy Lee Jones) og J (Will Smith), der arbejder for en tophemmelig organisation, som har til opgave at overvåge alle rumvæseners aktiviteter på Jorden. De to sortklædte mænd havner midt i et livsfarligt plot, der er udtænkt af en intergalaktisk terrorist (Vincent D’Onofrio), som er ankommet til Jorden for at snigmyrde to ambassadører fra modstødende galakser. K og J’s opgave går ganske enkelt ud på at fange rumskurken og forhindre verdens undergang. Og det er venstrehåndsarbejde for de to mænd i sort.
