Det er 10 år siden, vi sidst så noget til agenterne i biografen, men nu er de tilbage. Denne gang må Agent J rejse tilbage i tiden til år 1969 for at forhindre et rumvæsen i at dræbe hans kollega og gode ven Agent K. Hvis missionen mislykkes, vil det ikke bare betyde, at K ophører med at eksistere, men også at hele det hemmelige statsorgan til bekæmpelse af onde rumvæsner vil gå til grunde – og dermed hele Jorden.