Ash, Misty og professor Oak er inviteret til Dr. Yung's palæ, en Pokémon videnskabsmand, der har udviklet en maskine til at skabe Pokémon. Dog er han kidnappet af en mystisk fremmed, der ønsker at anvende ordningen til at fremstille Pokémon med absolut ingen svagheder, og er rasende over den pludselige tilstedeværelse af Mew
